U drugoj polovici 80-ih Zagreb pada u formi. Većina starijih igrača odlazi, a klubovi poput Čelika iz Zenice (kojeg je osnovao igrač Zagreba Suvad Kapetanović) i splitske Nade dižu se u formi.
Nakon desetljeća igranja bez domaćeg terena (domaće utakmice su se igrale na igralištu Mladosti na Savi) 1990. godine RK Zagreb konačno otvara vlastito igralište utakmicom protiv Yugoslav New Zealand kluba koji su činili igrači hrvatskog porijekla (među njima i bivši i sadašnji izbornici hrvatske reprezentacije, Sumich i Yelavich). Svečanu vrpcu presjekao je tadašnji ministar iseljeništva Gojko Šušak.
Situacija u zemlji se pogoršava i izbija rat. Mnogi igrači Zagreba javljaju se u dobrovoljačke postrojbe koje brane Hrvatsku, a neki su i službeno mobilizirani: Hrvoje Šarić, Goran Trkulja, Dubravko Milošević, Nenad i Zoran Blaževac, Nedeljko Blažević, Zlatko Mrnjaus, Vladimir Gržanić, Vilim Starešina, Damir Zrinščak, Miroslav Špirić, Zlatko Butorac, Marijan Putanec, Ivan Pijasek, Stanko Damjanović, Zvonko Rašić, Pero Prebeg, Mladen Kamenarić, Mate Drmić (poginuo u akciji oslobađanja Maslenice), Tihomir Tunuković (poginuo kao TV snimatelj kod Travnika), Dubravko Lovrenčić (teško ranjen u akciji na Kupi). Hvala im!
I za vrijeme rata klub funkcionira. Priključuju mu se i neki pripadnici UN-ovih snaga. Zanimljivo je kako je Gerry Lynch došao je u klub. Drago Vlahović upravljao je bagerom na jednom gradilištu obučen u dres Južne Afrike. Gerry je prepoznao dres i uspostavio komunikaciju iako Drago nije znao engleski. Saznavši da postoji ragbi klub u Zagrebu odmah se priključuje.
Preko međunarodnih veza dobavlja se i dostavlja prva profesionalna skup-mašina u Hrvatskoj. Proizvođač Predator je činjenicu da se njihove skram-mašine koriste čak i u Hrvatskoj, koja je tada bila u ratu, koristio u svom oglašavanju.
Zagreb ponovno ima vrlo jaku ekipu, kombinaciju mladosti i iskustva. A plodove rada na skup-mašini požnjeli su brojni igrači na poziciji čepa u godinama koje dolaze.
Zbog problema u domaćem prvenstvu zbog ratnih djelovanja, puno se putuje. U Heidelbergu u rujnu 1993. Zagreb pobjeđuje domaći HRK 5:17. Neki igrači bili su zatečeni strogim režimom ranog zaključavanja hostela pa su se na razne načine pokušali uspeti do svojih soba. Na povratu u Zagreb planirano je stajanje u Beču i utakmica, no zbog neke administrativne tehnikalije ili nesporazuma autobus je zadržan 6, 7 sati na njemačko-austrijskoj granici i utakmica je morala biti odgođena.
Mjesec dana kasnije ide se u Prag. U petak – utakmica protiv Kapetanovićeve Tatre – pobjeda 30:18. U subotu veliki dio igrača (75%) iz do danas neutvrđenih razloga ne uspjeva stići na dogovoreno mjesto za povratak u hostel. Srećom u Tatri su igrali i Zeničani Vidović, Majceni i Malović koji su uspjeli locirat većinu zagrebaša i u ranim jutarnjim satima ih žive i zdrave dopratiti do hostela, gdje ih je s oduševljenjm dočekao zabrinuti prof. Jajčević. Ispred svlačionice Zeničani prepričavaju Kapetanoviću dogodovštine od prošle noći, Kapetanović se smješka. Praga istrčava na teren, Kapetanović probljeđuje i u panici izjavljuje “Pa ovi su u najjačem sastavu, ubit će ih!” Praga – Zagreb 0:90. Sportske novine su napisale: “Tijekom susreta Zagreb je dominirao u svim elementima ragbi igre, nanijevši domaćinu vjerovatno najveći poraz u međunarodnim susretima. Loptu su zagrebaši prenašali začuđujuće brzo, tražeći prolaz čas kroz sredinu čas kroz krila…”
U trećoj sezoni samostalne Hrvatske 1993./94. u završnicu prvenstva plasiraju se Zagreb, Sisak, Nada i Makarska riviera. Zagreb impresivno osvaja prvenstvo ukupnim rezultatima u dva susreta – protiv Nade 82:20 – protiv Makarske 97:6.
U finalu Kupa 1993. protiv Jadrana HRM u Splitu zbog nesportske igre Zagreb napušta teren. Savez kažnjava Zagreb tako da nije sudjelovao u idućem prvenstvu.
