U posljednjih 10 godina klub se suočio s mnoštvom izazova. Od predanog rada s mlađim generacijama do organizacije velikih međunarodnih turnira i utakmica na Rudešu i Kranjčevićevoj.
2005. trener-igrač postaje Tomislav Gomuzak. Odrađuju se pripreme u Savudriji s kojih je u posebnom sjećanju ostala završna večer kada je cijela ekipa izašla u Umag i dobro se proveselila. U jednom trenutku u noćnom klubu nekoliko igrača skinulo je majice. Kada je redar zamolio Vedrana Pompera da igrači obuku majice on mu se samo nasmiješio i rekao: “Budi pametan… Imaš li ti 40 redara?” Razum je prevladao i ostatak večeri ljudi (uključujući i druge goste kojima se to svidjelo) su se neometano zabavljali bez majica. Iste godine Zagreb osvaja INTER-ligu koju su činili klubovi iz Zagreba, Siska i Ljubljane.
2007. klub organizira međunarodni FIRA-in turnir Zagreb 7’s. Za tu priliku napravljeni su veliki radovi na rudeškom terenu i okolnim objektima. Zahvaljujući tom turniru Rudeš će nekoliko godina imati montažnu istočnu tribinu čime će se poboljšati atmosfera na utakmicama.
2007./08. 11 klubova iz 5 zemalja započinje Regionalno ragbijaško prvenstvo (RRC). Zagreb sezonu završava na 6. mjestu. 2009. za trenera dolazi Suvad Kapetanović. Njegove neuobičajene metode često su davale dobre rezultate. Za pripreme klub odlazi u jedno planinsko
odmorište kraj Zenice. Putovanje osobnim automobilima pretvara se u pravu avanturu kada počne padati snijeg. Zbog loših uvjeta na cesti nekoliko automobila staje na benzinskoj postaji i pokušava naći prenoćište. Ipak, nakon prolaska ralice, ide se na prvotno odredište. Treninzi po snijegu u zabitoj planini nisu svima odgovarali pa tako jedan Englez i jedan Francuz koji su se nedavno priključili momčadi, nakon 2 treninga napuštaju kamp i odlaze u Sarajevo. Kako smo se dosta bili trudili oko njih, Argentinac Gessel, koji je ostao s nama, kaže: “Sad sam vam i ja dobar, a?” Nakon napornih, snježnih treninga Zagreb odigrava dvije utakmice u dva dana, s RK Rudar i RK Čelik (oba poraza) nakon čega se momčad vraća u Zagreb.
Pobjedom protiv beogradskog KBRK-a Zagreb 2009. godinu završava kao 7. u RRC.
2010. mjesto trenera preuzima Luka Marin. Kako vrijeme odmiče, momčad je sve starija i primjetna je stagnacija u rezultatima. 27. 11. 2010. na Rudešu se igra jedna od najčudnijih utakmica. Zagreb i Mladost susreću se na uništenom terenu koji se natopljen kišom pretvara u blatnu kaljužu. Vrlo niske temperature čine uvjete za igru jako teškima. Na kraju rovovske bitke obje momčadi morale su se zadovoljiti s neriješenim rezultatom. Zagreb nakon toga dvije sezone tavori u drugoj diviziji RRC-a.
2011. RRC mijenja format i Zagreb se kvalificira u četvrtfinale gdje pobjeđuje Čelik na Rudešu (36:13). U polufinalu gubi na teškom gostovanju kod Pobednika u Beogradu (25:19).
2013. u Regionalnoj ragbi ligi Zagreb pobjedom nad Mladosti (15:35) dolazi do finala. U finalu je splitska Nada bila prejaka (57:0). Kao zalog bolje budućnosti juniori Zagreba U14 su osvojili dvostruku titulu – naslov prvaka Hrvatske i Kup.
